A comienzos de febrero de 1810 ante la llegada de las tropas francesas a la ciudad de Medina Sidonia cundió especial miedo entre los clérigos regulares debido a los rumores que corrían sobre el tratamiento que daban a frailes y monjas. Además, habrían de sujetarse al decreto de supresión de las órdenes regulares de 18 de agosto de 1809 que obligaba a los conventuales a salir de sus claustros, a vestir de seglares en el plazo de 15 días y a presentarse en sus pueblos de origen. Tenemos noticia, gracias a La relación de lo sucedido en el convento de Jesús, María y José con la venida de los franceses, desde el año de 1810, escrita por la reverenda madre María Josefa Ibarra Asencio, que publicó nuestro estimado y desgraciadamente desaparecido Antonio Pérez-Rendón Collantes como apéndice en nuestro libro Medina Sidonia durante la Guerra de la Independencia (1808-1812), pp. 1169-1189, de que varias agustinas recoletas huyeron a través de la sierra y se embarcaron en Algeciras con rumbo a Cádiz. También a Cádiz marchó el prior de San Juan de Dios, llevándose las alhajas de plata, los vasos sagrados, los ornamentos de sacristía, las escrituras de propiedades y hasta el terno de tisú del santo titular. Los carmelitas de San José del Cuervo se dispersaron aunque regresaron a su casa ya que los franceses no penetraron en la garganta hasta el mes de agosto. Poco más sabíamos. Sin embargo hoy podemos añadir una escueta pero interesante noticia que hemos hallado en el Libro de gastos del convento de San Francisco, cuya historia, por otro lado, se encuentra en el más absoluto abandono (el convento y su iglesia no existen en el momento). Allí se escribe ya en agosto de 1814, cuando la comunidad vuelve a reunirse en su destrozada sede, pues no olvidemos que el convento había sido desmontado en gran parte por los franceses empleando sus materiales para fortificar el castillo (modernizamos la grafía):
Invadidos por los franceses día 6 de febrero de 1810 y temerosos de los funestos acontecimientos que por su odio a la religión y extinción de conventos en cuanto dominaban en España pudiesen sobrevenirnos, nos congregamos guardián, discretos y demás individuos que componían esta comunidad, los que acordamos se repartiese lo que en efectivo y contante había en la comunidad por partes iguales, lo que se verificó en el trigo y demás comestibles, y pasando después a la limosna pecuniaria que estaba en poder de nuestro síndico, hallamos ser la cantidad de ocho mil novecientos setenta y nueve reales de vellón, de la que percibimos los asistentes en ésta la cuota correspondiente a cada uno, que fue de cuatrocientos ocho reales de vellón, reservando la de los individuos ausentes, que eran seis, para si en tiempo recurrían por ella y, si no, invertirla en lo que hubiese lugar según nuestra última suerte. Mas en el transcurso del tiempo de la dominación francesa pidieron algunos su cuota, quedando la de otros que fallecieron en dicho tiempo y la de otros, que por no haberla pedido y estar al presente asignados a otros conventos de la provincia, quedó siempre en poder de nuestro síndico y a favor de la comunidad. Quedó además mil trescientos cincuenta y tres reales de vellón, valor de un mulo, y nueve fanegas de zahína, que junto con la cantidad que ha quedado de los ausentes, que es de mil cuatrocientos sesenta y dos reales de vellón hacen el total de dos mil ochocientos veinticinco reales de vellón, con los que principiamos los gastos de comunidad reunida como tal en ocho de agosto de 1814. Y por ser así lo firmamos guardián, discretos y síndico del convento en dicho día, mes y año (ut supra). [Firman] Fray Juan Toro, discreto; fray Miguel Romero, discreto; fray Juan Antonio García, guardián; Antonio Carrera, síndico.
Estas palabras confirman que fue el día 6 de febrero de 1810 el primero de estancia de tropas francesas en la ciudad, y que el guardián del convento en 1814 siguió siendo el mismo que había sido antes de la escapada, fray Juan Antonio García. Nos permiten saber también que a comienzos de 1810 eran 22 los franciscanos residentes en su convento en Medina, y que don Antonio Carrera, que ejercía también como escribano de cabildo, era el hombre de confianza para llevar las cuentas del mismo.
